Skupštinu čine predstavnici svakog udruženog člana HŠSS-a koji na sjednicama skupštine donose Statut i opće akte te njihove izmjene i dopune, utvrđuju strategiju i politiku razvoja hrvatskog školskog sporta, donose godišnje i višegodišnje planove i programe rada HŠSS-a te usvajaju izvješća.
Članovi Skupštine HŠSS-a: Dražen Milaković, Mirna Mikić, Antonio Lučić, Pere Markić, Hrvoje Lekić, Siniša Ivanišević, Tanja Škrak, Darinka Šimunčić, Tatjana Tuđa, Milan Štimac, Aleksandar Puklavec, Mirna Rajle Brođanac, Zlatko Kraljević, Albinko Bagarić, Davor Juriša, Josip Šimunović, Zdravko Omrčen, Goran Kursar, Anita Donđivić, Ivana Putarek, Saša Topić, Igor Miličević, Jadranka Duvančić, Ivančica Valek.